W Akademii Wychowania Fizycznego im. Bronisława Czecha w Krakowie istnieją trzy wydziały: Wydział Wychowania Fizycznego i Sportu, Wydział Rehabilitacji Ruchowej oraz Wydział Turystyki i Rekreacji. W ramach wydziałów tworzone są instytuty, katedry, zakłady, studia, zespoły dydaktyczno-przedmiotowe oraz pracownie, w których prowadzi się zajęcia dydaktyczne oraz realizuje badania naukowe.
Akademią kieruje rektor (wybierany przez uczelniane kolegium elektorów) jako organ jednoosobowy - przez trzy lub czteroletnią kadencję. Do uczelnianego kolegium elektorów są wybierani, w proporcji określonej przez ordynację wyborczą: samodzielni pracownicy nauki, pozostali nauczyciele akademiccy, pracownicy niebędący nauczycielami akademickimi oraz przedstawiciele studentów i doktorantów. Działania rektora wspierają, wybrani w wyborach demokratycznych, elektorzy uczelnianego kolegium elektorów, prorektor ds. nauki oraz prorektor ds. studenckich.
Organami kolegialnymi Akademii są Senat oraz Rady Wydziałów. W skład Senatu z urzędu wchodzą: rektor jako przewodniczący, prorektorzy oraz dziekani. Ponadto w określonych proporcjach wybrani przedstawiciele: nauczycieli akademickich zatrudnionych na stanowisku profesora zwyczajnego, nadzwyczajnego lub doktora habilitowanego oraz pozostałych nauczycieli akademickich, a także przedstawiciele samorządu studenckiego (studenci i doktoranci) i pracowników uczelni niebędących nauczycielami akademickimi (pracowników administracji).
Do kompetencji Senatu należy między innymi uchwalanie: statutu Akademii, regulaminów studiów i studiów doktoranckich, studiów podyplomowych, zasad przyjęć na studia i studia doktoranckie, planu rzeczowo-finansowego, ustalanie głównych kierunków działalności Uczelni, nadawanie tytułu doktora honoris causa oraz wydawanie opinii w sprawach przedłożonych Senatowi przez rektora, rady wydziału oraz członków Senatu.
Wydziałami kierują dziekani (wybierani przez wydziałowe kolegia elektorów) jako organ jednoosobowy przez trzy lub czteroletnią kadencję. Działania dziekana Wydziału Wychowania Fizycznego i Sportu wspiera trzech prodziekanów: ds. studiów zaocznych, kierunku wychowanie fizyczne i sportu. Dziekanowi Wydziału Rehabilitacji Ruchowej pomaga dwóch prodziekanów: ds. studiów stacjonarnych i ds. studiów niestacjonarnych.
Dziekanowi Turystyki i Rekreacji pomaga dwóch prodziekanów
W skład rad wydziałów wchodzą z urzędu: dziekan jako przewodniczący i prodziekani oraz wszyscy samodzielni pracownicy nauki – profesorowie zwyczajni lub nadzwyczajni i doktorzy habilitowani. Ponadto z wyboru przedstawiciele pozostałych nauczycieli akademickich, a także przedstawiciele samorządu studenckiego (studenci i doktoranci) i pracowników uczelni niebędących nauczycielami akademickimi (pracowników administracji zatrudnionych na wydziale).
Rady Wydziałów podejmują uchwały dotyczące: tworzenia, likwidacji kierunków studiów, specjalizacji i specjalności, zasad i trybu rekrutacji na studia oraz proponowanej liczby przyjęć na I rok studiów. Określają organizację roku akademickiego, a także opiniują wnioski o zatrudnienie nauczycieli akademickich, udzielenie urlopu naukowego lub szkoleniowego. Zgodnie z uzyskanymi uprawnieniami Rada Wydziału Wychowania Fizycznego w wyniku przeprowadzonych procedur nadaje stopnie naukowe doktora i doktora habilitowanego nauk o kulturze fizycznej; jednocześnie występuje do Centralnej Komisji Stopni i Tytułów o nadanie przez Prezydenta RP tytułu naukowego profesora nauk o kulturze fizycznej.
Administracją Uczelni kieruje kanclerz powołany przez rektora, wspierany przez zastępców, w tym przez zastępcę ds. ekonomicznych - kwestora, jako głównego księgowego.
