Studia doktoranckie w Akademii Wychowania Fizycznego im. B. Czecha w  Krakowie prowadzone są od roku akademickiego 1998/1999. Studia mają charakter stacjonarny i trwają osiem semestrów (4 lata). Umożliwiają uzyskanie stopnia naukowego doktora nauk o kulturze fizycznej. Jednostką organizacyjną, realizującą zadania związane z funkcjonowaniem studiów doktoranckich, jest Wydział Wychowania Fizycznego i Sportu. Problematyka naukowo - badawcza Wydziału WFiS wyznacza zakres tematyczny prac doktorskich, które mogą być prowadzone w ramach studiów doktoranckich. Wydział Rehabilitacji Ruchowej, który rozpoczął działalność w roku akademickim 2002/2003 z dniem 25 lutego 2008 roku uzyskał nadane przez CENTRALNĄ KOMISJĘ DO SPRAW STOPNI I TYTUŁÓW, w uzgodnieniu z Radą Główną Szkolnictwa Wyższego, uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk o kulturze fizycznej.

Opiekę nad studiami doktoranckimi sprawuje Kierownik Studiów Doktoranckich bezpośrednio podlegający Dziekanowi Wydziału Wychowania Fizycznego i Sportu. Nadzór merytoryczny nad studiami doktoranckimi sprawuje Rada Wydziału Wychowania Fizycznego i Sportu.
Prawa i obowiązki uczestników studiów określa regulamin studiów doktoranckich . Podstawa prawna : Ustawa - Prawo o Szkolnictwie Wyższym z dnia 27 lipca 2005 r. (Dz. U. Nr 164, poz.1365 z późniejszymi zmianami). Pełny tekst regulaminu stacjonarnych studiów doktoranckich z zakresu nauk o kulturze fizycznej w AWF w Krakowie znajdującej się w Dziale Nauczania oraz u kierownika studiów doktoranckich.